Pondok Pesantren Yukminuuna bil Ghoibi didirikan pada tanggal 5 Oktober 1991/ 27 Rabi’ul Awwal 1412
Oleh Kyai. Imam Isfandi (1927 – 2017)
12 Oktober 1991/ 8 Rabi’ul Akhir 1412
Kegiatan Pengajian dan Pengajaran Thoriqoh Sufiyah ‘ala manhaji Sathoriyah, dimulai oleh Kyai. Imam Isfandi. Melanjutkan estafet dari Gurunya sebelumnya Kyai. Husnun Malibari, Tanjung Anom, Warujayeng, Nganjuk, dari Gurunya Kyai. Imam Mursyid Muttaqien, Takeran, Magetan. Para santri dalam mengikuti pembelajaran ada yang muqim dan tidak mukim. Pada mulanya santri mukim hanya dua orang, keduanya dari ponorogo. Santri tidak mukim dari berbagai daerah, mulai Ponorogo, Madiun, Nganjuk, Madiun, dan Ngawi. Pelajaran-pelajaran dalam thoriqoh menjadi ciri khas utama dari kegiatan ini, seperti; Dzikir, Wirid, Bai’at, Mujahadah, Riyadhoh, Munajah, Uzlah, Mudzakarah, dan Tafakkur.
1998
Madrasah Pendidikan Al-Qur’an Baiturrohmah, didirikan oleh Kyai. Imam Isfandi dan Nyai. Miswati. Sebuah taman Pendidikan Al-Qur’an yang mengajarkan membaca al-Qur’an, menulis bahasa Arab, Sejarah Islam dasar, dan fiqih dasar. Pembelajaran dengan dua kelas, kelas iqro’ dan kelas alqur’an. Latar belakang pendiriannya tidak lain karena rasa prihatin yang muncul dari batin Kyai dan Bu Nyai terhadap tingkat Pendidikan, dan rasa keagamaan Masyarakat sekitar. Kurangnya fasilitas Pendidikan di kala itu, dan kondisi krisis yang memperpuruk keadaan, menderong Beliau berdua dengan para santri memberikan peluang bagi anak-anak kecil sekitar untuk belajar mengaji Al-Qur’an. Empat kader Guru Ngaji dikirim ke Ponorogo untuk mempelajari cara mengajar Iqro’, dan mengelola TPA. Alhasil, ratusan anak kecil mau ikut belajar di TPA ini, banyak dari mereka yang kemudian khatam alqur’an. TPA berjalan dengan dibantu oleh para yang ikut mengajar, jumlah mereka sekitar 8 orang, dari Ponorogo, Kediri, Jambi, dan Lampung.
2000
Beberapa oknum santri senior non mukimin, mengadakan perkumpulan makar di luar pondok, dan menghasut santri mukimin, mereka bertujuan untuk menduduki dan mengambil alih kepemimpinan kyai dan Pondok.
Kyai bertemu dengan para perusuh dengan penjagaan dari seluruh santri yang masih taat, dialog terjadi tapi tidak ada kepatuhan, Kyai memberikan Keputusan memulangkan santri-santri yang tidak ta’at. Seluruh kegiatan pondok diliburkan sementara waktu.
Untuk menjaga keberlangsungan Pondok dan para santri maka dibentuklah Yayasan resmi berbadan hukum. Yayasan tersebut diberi nama “Yayasan Pondok Pesantren Yukminuuna bil Ghoibi-Ilmu Sathoriyah”, sebagai perwujudan atas niat suci dan harapan besar atas perjuangan yang telah dimulai sejak awal. Kyai Bersama para santri mulai mengelola Yayasan yang telah berdiri, dan memulai perencanaan Pembangunan dan perluasan Pondok.
2001
Permulaan Pembangunan komplek pondok. Gedung letter L adalah gedung pertama yang dibangun. Penggunaan cetak biru arsitektur gedung letter L ini menjadi dasar rancang bangun yang digunakan, meskipun dalam pelaksanaanya dibangun dengan tenaga harian. Sehingga pengerjaannya hingga selesai butuh bertahun-tahun. Begitu juga dengan gedung-gedung yang lainnya, yang dibangun dengan swadaya kyai dan para santri, swadana dan swakelola.
2004
Pengiriman kader pondok pertama ke Pondok Modern Darussalam Gontor, berbarengan dengan dimulainya usaha budi daya ayam petelur. Atas izin Kyai unit usaha ini sebagai tonggak utama dalam menjalankan perekonomian pondok. Beberapa proses dalam Pembangunan area Pondok, didukung dengan pendanaan dari unit usaha ini. Dengan perkembangan yang pasang surut, unit usaha ini masih dijalankan. Beberapa santri diawal ikut membantu Kyai membuat kendang ayam, hingga mengurus ayam itu, sembari mengurus beberapa petak sawah. Hal ini dilakukan dibarengi dengan mengaji harian, kendati pada awal mereka datang ke pondok tidak pernah dipungut uang biaya sepeserpun. Sebagai bentuk imbal baliknya, para santri membantu Kyai mengurus sawah, kebun, hingga peternakan, bahkan setiap bulan mereka mendapatkan beberapa tambahan uang saku, meskipun tidak banyak, tapi cukup untuk kebutuhan sehari, karena makan harian bahkan bulanan ditanggung oleh Kyai langsung dan Pondok.
2007
Pengiriman kader pondok kedua ke Pondok Modern Darussalam Gontor.
Permulaan Pengajian Ahad Legi tanggal 11 Agustus 2007. Kegiatan rutin pengajian ini, selain berisi pelajaran-pelajaran penting terkait dengan keimanan dan ketauhidan juga berisi musyawarah dalam menjalankan program pendidikan di pondok Pesantren Yukminuuna bil Ghoibi. Dibentuklah tim pelakasana yang melaksanakan proses inisiasi papan pendidikan, yang di dalamanya ada panitia inti pusat, dan panitia di daerah. Panitia inti 8 orang terdiri dari, Ketua, Sekretaris, dan bendahara, sedangkan panitia di daerah menjadi 17 titik dengan organisasi yang otonom, mulai dari Ponorogo, Madiun, Ngawi, Magetan, Mojokerto, dan Surabaya. Tim pelaksana ini dibentuk guna mengaktualisasikan proses pembentukan papan pendidikan yang dicita-citakan oleh Kyai dan para Santri.
2014
Pengiriman kader pondok ketiga ke Pondok Modern Darussalam Gontor.
Gerakan Tanam Jagung para Santri. Dalam menunjang pembangunan pondok, diadakanlah gerakan tanam jagung dengan izin Kyai. Selain menjadi ajang silaturahmi para santri dan meningkatkan ukhuwah Islamiyah antar santri non mukim, juga memiliki nilai ekonomis guna membantu jalannya perekonomian Pondok lewat unit usaha budi daya ayam petelur yang telah dirintis Kyai.
2016
Penyelesaian pembangunan Gedung leter L, Gedung Asrama 1, Gedung Asrama 2, Kamar mandi 1, kamar mandi 2, Gedung Kantor dan Perpustakaan, Ruang Guru, Kamar Mandi Guru, Dapur Santri, Ruang Tamu.
Generasi Kedua
13 Sya’ban 1438 / 10 Mei 2017, Kyai. Imam Isfandi, Pendiri Pondok, wafat.
Atas wasiat terakhir Kyai, ditetapkanlah tiga Pimpinan baru Pondok:
Al-Ustadz Dr. Imam Muttaqin, M.Pd
Al-Ustadz Joko Santoso, S.Ag
Al-Ustadz Zainal Arifin, S.Pd
2019
Pembaharuan dan Peremajaan Yayasan Pondok Pesantren Yukminuuna bil Ghoibi.
2020
Penyelesaian Pembangunan Kopontren (koperasi Pondok Pesantren) dan AULA Pondok.
2021
Kerjasama dengan IKPM Ngawi Mengadakan Bimbingan Masuk Gontor BIMAGO. Kegiatan ini diikuti sekitar 67 calon santri, dengan 4 kegiatan mabit akbar, muqim di Pondok hingga tiga hari. Adapun kegiatan yang dilaksanakan berupa pembelajaran resmi kelas, belajar malam, simulasi ujian masuk, olahraga, Tahsin bacaan al-qur’an, dan kegiatan bahasa.
2025
Kerjasama dengan Kelompok KKN 36 UNIDA Gontor Putri mengadakan Pesantren Kilat Ramadhan, dengan siswa dari SDN PLOSO 2 dan PLOSO 1.
Pembukaan KMI tahun ajaran 1446-1447 H.
Pembukaan kajian Kitab malam Jum’at. Ngaji sorogan dengan Kitab Arba’in Nawawi.
Pembukaan program pembaharuan TPA Miftahul Huda, di Masjid Jami’ Baiturrahmah, Pondok Pesantren Yukminuuna bil Ghoibi. Pelajaran dilaksankan dari Senin hingga Sabtu, dengan menggunakan metode sorogan membaca iqro’ dan Mushaf al-Qur’an, para pelajar terdiri dari anak-anak tingkat paud hingga sekolah dasar.